dawnego „grodu tatarskiego“ powstaje miasto nowe, zwane Derptem (po łacinie Tarbatum) i staje się ogniwem środkowem przezwanego od niego biskupstwa derpskiego, gdy tymczasem tenże świątobliwy biskup pod wezwaniem św. Dyonizego wznosi na Olimpie estońskim najpiękniejszy tum gotycki, jaki kiedykolwiek posiadały kraje nadbaltyckie. Dach tej wspaniałej świątyni podtrzymywanym był przez dwadzieścia 70-cio stopowych kolumn gotyckich, a front jej zdobiły 2 niebotyczne wieże, z których każda liczyła 220 stóp wysokości. Stanowisko tak miasta jako i biskupstwa wzrasta z roku na rok. W r. 1245 wszystkie ziemie o mil kilka w około Dorpatu już najzupełniej do biskupa należą, a wkrótce wchodzą posiadłości jego aż w granicę ziem ruskich. Następuje epoka najwiekszej świetności miasta. Za potrójnym murem, którym teraz miasto opasane, rozkwita nowe zupełnie życie; handel i przemysł podnoszą się, mieszczaństwo wzrasta w siłę a wkrótce tak dalece potężnieje, że się stara wyemancypować z pod władzy świeckiej biskupa i kapituły. Na brzegach Embachu wytwarza się miejsce składowe wielkiego znaczenia, tak na towary sprowadzane ze wschodu dla Europy zachodniej, jako też i na produkta przemysłu niemieckiego lub flamandzkiego a przeznaczane na okolice ruskie. Towary przychodzące ze Wschodu znaczne tu cła opłacać muszą, a cała baczność mieszczan dorpackich na to zwrócona, aby liczne towarowe transporta nowej sobie nie wynalazły drogi. To też czynny biskup Fryderyk najsrożej poleca wójtowi nowozałożonego na granicy ruskiej zamku Neuhauzeńskiego, aby pod żadnym pozorem nie przepuszczał karawan moskiewskich tamtędy przez Kokenhuzę do Rygi dążących. Ale i w państwie związkowem inflanckiem miasto Dorpat niepoślednie zajmuje teraz miejsce, gdyż w związku z Rygą i Rewlem czwartą tworzy kuryą, a posłów swoich na sejmy cesarstwa niemieckiego ma prawo wysyłać. Na jednym z tych sejmów (w r. 1397) mistrz inflancki Konrad Jungingen autonomią Dorpatu uroczyście stwierdza. Przywileje mocarzy tak krajowych jak zagranicznych bronią wzrastającego coraz bandlu Dorpatczan, a rada miejska otrzymuje nietylko prawo ogłaszania bez apelacyi wyroków śmierci i bicia monety pod stemplem miastowym ale nawet i tak zwaną „juridictio in nobiles,“ której niejednokrotnie z wielką surowością używa. Jedną z głównych przyczyn ówczesnej potęgi Dorpatu było niewątpliwie to, że należał do miast hanzeatyckich i posiadał warsztaty do budowy statków pośredniczących w handlu z Nowgorodem przez jezioro Pejpus, z którem go łączy Embach. O wspaniałości miasta sądzić można z odkopywania fundamentów gmachów starożytnych, świadczących o ich obszerności. Pomiędzy niemi samych kościołów naliczono dotąd aż 11. Są to oprócz katedry kościoły: N. P. Maryi, św. Jana, św. Mikołaja, św. Jakóba, św. Marcina (a przy nim klasztor obszerny), św. Katarzyny (również z klasztorem), kościół zamkowy (na miejscu dzisiejszego obserwatoryum astronomicznego), nakoniec kościoły św. Jerzego, św. Antoniego i św. Anny. Ludność ówczesnego Dorpatu znaczną być musiała, gdyż za rządów biskupich w czasie morowego powietrza zginęło 15,600 ludzi, nie zrządziwszy wielkiego uszczerbku w ludności, jak utrzymuje kronikarz. Do końca XV stulecia nie widział D. wrogów zewnętrznych przed bramami swemi, ale za to nie zbywało mu na nieprzyjaciołach wewnętrznych. Raz wszczyna się spór o to (między zakonem rycerskim i kapitułą) kto ma prawo być wybranym na biskupa (1378); innym razem biskup przyzywa Litwinów i Rusinów na pomoc przeciw mistrzowi zakonu inflanckiego, który go do opłacania pewnej daniny chce zmusić (1396). W latach 1454 i 1474 biskup dorpacki, z woli papieża, pośredniczy w układach pomiędzy arcybiskupem ryskim i prowincyonalnym mistrzem krzyżackim; wszakże wyznać należy, że w częstych zatargach pomiędzy temi najwyższemi władzami Dorpat zwykle trzymał stronę arcybiskupów, za co znowu od zakonu krzyżackiego niejednokrotnie cierpiał prześladowanie. Gdy z upływem wieku XV wewnętrzne niepokoje nieco ucichły, nowe wielkie niebezpieczeństwo zagroziło Dorpatowi. Car Iwan III Wasylewicz, skruszywszy jarzmo mongolskie i złamawszy na zawsze potęgę rzplitej nowgorodzkiej, wtargnął z wojskiem do Inflant i wojnę rozpoczął, pustosząc biskupstwo dorpackie. Dymiące gruzy krwawą jego oznaczały drogę. Mistrz inflancki Walter Plettenberg, pomimo słabych sił jakiemi rozporządzał, tak stanowcze nad nieprzyjacielem odniósł zwycięztwo w r. 1502, że niebezpieczeństwo przesiedlenia krajowców w głąb krajów cara zupełnie usunięte zostało a samodzielność związkowego państwa inflanckiego, do którego i Dorpat należał, nadal zapewniona. Na lat kilka zawarto przymierze, które później kilkakrotnie odnawiano. Dorpat zatem przez pół następnego wieku cieszyć się mógł stałym pokojem zewnętrznym a przemysł i handel nanowo poczęły zakwitać. Wszelako do wewnętrznych niepokojów przyłączył się w tym czasie i ruch reformacyi religijnej. Pierwsze ziarna nauki Lutra w r. 1524 przyniósł do Dorpatu prosty kusznierz Melchior Hofman, rodem ze Szwabii. Już w jesieni tego roku odwracał ten improwizowany predykant lud
